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タンパク質のリン酸化ネットワークは非常に複雑であるため、プロテオーム全体のリン酸化イベントの解析は依然として主要な解析課題です。この研究では、リン酸プロテオームの全体的な解析に貢献する能力に関して、Lys-N、Lys-C、およびトリプシンの相補性を評価します。低 pH 強陽イオン交換の改良版を使用して、N 末端がアセチル化、リン酸化、および修飾されていないペプチドを効率的に分離しました。3 つの酵素を組み合わせて使用​​すると、1 mg のタンパク質から合計 5,036 個の非重複リンペプチドを 1% 未満の誤検出率で同定できました。我々のデータから、異なるプロテアーゼで生成されたリンペプチドデータセット間の重複はわずかである一方、同様に生成された 2 つのトリプシン処理データセット間の重複は少なくとも 4 倍高いことが判明しました。このように、Lys-N とトリプシンを並行して使用すると、トリプシン単独と比較して、検出されたリンペプチドの数が 72% 増加しましたが、トリプシンの反復実験では 25% の増加にとどまりました。したがって、トリプシンと Lys-N データのみに焦点を当てた場合、4,671 個の非重複リンペプチドが特定されました。検出された部位をさらに分析したところ、Lys-N およびトリプシンのデータセットには大幅に異なるリン酸化モチーフが豊富に含まれていることが示され、マルチプロテアーゼアプローチがリンプロテオーム分析において非常に価値があることがさらに証明されました。