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コンドロイチン硫酸 (CS) は、タンパク質に共有結合してプロテオグリカンを形成するグリコサミノグリカンの一種です。コンドロイチン硫酸は、動物組織の細胞外マトリックスおよび細胞表面に広く分布しています。糖鎖はグルクロン酸とN-アセチルガラクトサミンが交互に重合したもので構成されており、糖様結合領域によってコアタンパク質のセリン残基に結合されています。

多糖類の主鎖の構造は複雑ではありませんが、硫酸化の程度、硫酸基、鎖内のイソウロン酸の 2 つの違いの分布の点で非常に不均一です。コンドロイチン硫酸の微細構造は、その機能的特異性とさまざまなタンパク質分子との相互作用を決定します。