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ギムザ染色の pH を通常 6.8 から 9.0 に変更すると、ヒト染色体の差異染色が可能になります。このような染色により、すべての相同体ペアと染色体腕内の異なる領域の同定が可能になります。ほとんどの場合、パターンはキナクリン マスタード蛍光染色で得られるパターンと非常に似ています。染色体 A1 および C9 の傍中心性狭窄、および Y 染色体の長腕の遠位端などの特定の領域は、ギムザ 9 法では異なって染色されます。この技術はキナクリンマスタード蛍光技術よりもかなり簡単で、ホモログの同定も後者で染色された細胞よりも簡単です。